graphvizでサブグラフ同士を結ぶ

compound=trueを指定して、ltail, lheadでsubgraph名を指定する。

digraph G {
  compound=true;
  subgraph cluster0 {
    a;
  }
  subgraph cluster1 {
    b;
  }
    a -> b [ltail=cluster0,lhead=cluster1];  
}